本申请公开了一种掩膜生成方法、图像配准方法、计算机设备及存储介质，属于医学影像技术领域。所述方法包括：在基准图像中确定患者的目标部位所在区域和患者的固定部位所在区域；基于所述目标部位所在区域和所述固定部位所在区域，生成包含所述目标部位和所述固定部位的非规则形状的掩膜区域。由于患者的固定部位的位置一般不会随着时间的推移而发生变化，因此，在根据包含患者的目标部位和固定部位的掩膜区域，对基准图像和待配准图像进行配准后，可以有效的提高了基准图像和待配准图像的配准精度。