本发明公开了一种枕式包装机的自动色标校准方法，包括：建立横封横切装置凸轮运动的凸轮曲线，并根据凸轮曲线控制横封横切装置的封切伺服电机；计算封切轴实际参考位置点距离理论封切点对应的主轴相对偏移脉冲数p₀；获取色标传感器检测到色标时封切轴实际参考位置点距离实际封切点对应的脉冲数p_t；计算色标的位置偏差Δp，Δp＝p_t‑p₀；当位置偏差超出预设允许范围时，对单个包装袋脉冲补偿Δp，并根据补偿后的单个包装袋脉冲重新生成凸轮曲线。根据色标传感器和理论封切点的绝对值位置作为参考进行自动校准，避免了人为误差的引入，进而提高了封切精度。本发明还公开了一种枕式包装机的自动色标校准系统和介质，同样具有上述技术效果。