本申请公开了一种探头校准系统及其校准方法，所述系统包括：校准模块、探头模块、测量仪和连接线，其中，所述校准模块通过所述连接线与所述探头模块连接，所述探头模块的信号输出端与所述测量仪的信号输入端连接，所述校准模块与所述测量仪通信连接；所述校准模块用于基于待校准的参考电压，向所述探头模块发送校准指令；所述探头模块用于基于所述校准指令产生第一电压值的输入电压，基于所述输入电压，输出第一信号；所述测量仪用于检测所述探头模块输出的所述第一信号的第二电压值，将所述第二电压值传输至所述校准模块；所述校准模块用于根据所述参考电压的电压值和所述第二电压值，控制所述探头模块进行校准。