本发明公开一种用于浅水湖泊的沉浮式蓝藻水华监测系统及预报方法，包括蓝藻水华监测装置模块和蓝藻水华预报模块，通过对气象、水文以及不同水深处的水质进行监测，完善了蓝藻水华监测体系，构建了多元素、深层次、低成本的监测装置，可实现湖泊定点区域水质、气象、水文数据监测，且根据实际需求，装置可进行自动巡航及时全面的监控湖泊蓝藻水华发生情况；通过对气象、水文以及水质的处理，利用大数据技术对未来一段时间内蓝藻水华发生情况进行预测，并参考实际管理需求，划分预警等级，并分级发送至对应行政管理部门。