本发明公开了一种FFPE样本进行蛋白质组学分析的自动化处理方法及装置。其中，该自动化处理方法包括以下步骤：S1，第一移动模块将放置有FFPE样本的样本管放置到第一预定位置；S2，识别单元对样本管进行识别，以得到样本管的标识信息；S3，基于标识信息选择目标生产方式，其中，目标生产方式为用于对FFPE样本进行处理的方式；S4，基于目标生产方式对FFPE样本进行处理，得到处理结果。应用本发明的技术方案，通过该自动化处理方法，可以实现对FFPE样本的自动化处理的目的，达到了提高样本处理效率的技术效果，进而解决了相关技术中对于FFPE样品蛋白组学前处理需要人工参与完成，效率较低的技术问题。