本发明公开了一种不破坏牡蛎壳结构的牡蛎采样装置及方法，属于采样领域，包括固定座，所述固定座上设有卡槽，所述卡槽内安装有打孔移动座和注液移动座，打孔移动座中安装有与之螺纹配合的牡蛎钻刀，所述牡蛎钻刀的下端设有牡蛎钻头，所述注液移动座中安装有用于伸入牡蛎钻刀钻出的孔中的移动管；所述牡蛎钻刀可以自上而下在牡蛎上穿出一个小孔，从而使移动管可以将溶解液送到石块与牡蛎壳的角质层之间溶解石块，从而分离石块与牡蛎壳，解决了现有技术中，牡蛎的采样过程中，牡蛎壳结构容易被破坏，导致牡蛎壳组份和基体材料的关系的研究实验难以进行的问题。