本发明涉及一种单轴磁电耦合原子气多层结构的光学传输特性的分析方法及系统，方法包括以下步骤：S1、建立相干驱动原子气媒质与普通介质构造的多层周期结构模型；S2、计算出相干驱动原子气媒质的有效参数的表达式；S3、用四元向量表示普通介质层中的电磁波，确定两种材料层交界面处的边界条件；S4、计算多层周期结构的传输矩阵；S5、求出原子气媒质与普通介质构造的多层周期结构的反射透射谱。本发明的相干驱动磁电耦合原子气媒质与普通介质构造多层结构，作为测试模型具有应用价值；同时，本发明涉及基于传输矩阵计算方法和四元向量法，为分析多层的特异材料结构提供了一种光学方法，产生有益的技术效果。