本发明公开了一种显微镜实时图像优化方法及系统，其包括：步骤1，统计显微镜系统在多种成像工况下的噪点比例系数，计算显微镜系统的噪点比例系数P_system；步骤2，扣除原始图像中与所述P_system计算得到对应像素点，得到第一图像；步骤3，获取所述第一图像的最大灰度值；步骤4，将所述原始图像上的大于第一图像的灰度值最大值的像素点值设置为所述第一图像的最大灰度值，其余像素点值不变，获得优化后的图像。本发明具有去噪点效果显著，计算速度快，信号保真度高的优点，非常适用于显微镜实时成像中的图像优化处理，提高成像质量。