本公开提供一种纵向联邦数据处理方法及装置，涉及网络安全技术领域。该方法包括：获取待测样本数据，待测样本数据包含待测样本标识，以使各参与方基于待测样本标识，确定待测样本标识对应的样本中的目标特征；并在本地计算中间结果；接收各参与方发送的保序变换结果，保序变换结果通过各参与方对每个所述中间结果进行保序变换获得；对所有参与方的相同样本的保序变换结果进行融合处理；基于融合结果筛选出K个目标样本；并基于K个目标样本的标签，确定待测样本数据的标签。本公开可以解决现有技术中第三方集中安全风险高和加密解密过程带来的数据处理速度慢的问题。