本申请实施例公开了一种样本架识别方法、样本输送系统及存储介质，属于医疗器械领域，能够解决滞留在样本输送轨道上的样本架的回收效率低的问题。该方法应用于包括样本输送轨道的样本输送系统，该样本输送轨道包括检测模块和转向模块；该方法包括：通过该检测模块确定位于该转向模块中的样本架的类型，该转向模块与目标设备连接，该目标设备包括以下至少一项：输入设备、回收设备、分析设备；在确定该样本架的类型为目标类型的情况下，将该样本架输送至该目标类型对应的回收设备。