本发明提供一种异构子孔径的条纹追踪方法，包括如下步骤：S1、口径不同的移动接收望远镜与固定接收望远镜接收的光束分别经微透镜阵列耦合入光纤阵列中；S2、两路光束经光纤阵列的空间滤波后通过色散元件分散为单色光，各路单色光通过会聚透镜入射至异构子孔径拼接干涉仪发生干涉形成干涉光谱；其中，两路光束分散而成的单色光之间发生干涉；S3、对干涉光谱进行频谱分析，获得两路光束的光程差；S4、基于光学延迟线或促动器对光程差进行实时跟踪补偿，以实现异构子孔径的条纹追踪。本发明本发明利用不同口径的望远镜甚至集成不同类型干涉装置的异构子孔径架构具有充分利用现有设备、可兼顾详查与普查的优点，实现更高效率的空间光学干涉成像。