本申请提供了一种传动机构的反向间隙补偿方法、装置、系统及储存介质，传动机构的反向间隙补偿方法，包括：获取机床在回零时的运动方向；发送第一运动指令给所述机床，若所述第一运动指令的方向与所述机床在回零时的运动方向相反，则对所述机床进行反向间隙补偿；若所述第一运动指令的方向与所述机床在回零时的运动方向相同，则不对所述机床进行反向间隙补偿。本申请提供的传动机构的反向间隙补偿方法，可确定是否需要对机床进行反向间隙补偿，避免出现反向间隙补偿得不到补偿或者重复补偿等错误补偿问题，进而可提高机床的定位精度与加工精度。