本申请涉及一种候选分子的参数优化、目标分子设计方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：确定候选分子上的可设计位点及可优化参数，调整可优化参数的取值，确定优选复合物，并将优选复合物对应的可优化参数的取值确定为可优化参数的优选值。本申请实施例通过确定候选分子上的可设计位点和可设计位点的可优化参数，调整该可以优化参数的取值，计算每个取值对应的候选复合物的结合自由能，并根据结合自由能确定可优化参数的优选值，根据该可优化参数的优选值对可设计位点的化学结构的限制，确定候选分子的设计方向，为分子设计提供明确的思路，有效降低分子设计的计算量，提高实验效率，同时整个分子流程实现完全自动化，减少分子设计难度。