本发明公开了一种基于CFD的多尺度模拟方法、系统和存储介质，首先，建立船体的几何模型，并对所述船体进行网格划分；然后，使用CFD方法对船体的整船流场进行模拟，得到整船流场信息；其次，提取所研究的所述船体的局部结构入口剖面的每个网格节点的风速数据；最后，将风速数据输入到局部模型进行计算，以实现对船体的局部模拟。本发明提供的基于CFD的多尺度模拟方法，一方面通过高效的整船模拟可以获取船体周围流场特征，另一方面又可以通过局部模拟获取各部分流场细节。大大提高了局部模型数值模拟的准确性，同时也弥补了整船计算无法对流场细节进行精确描述的不足，解决了整船模型简化处理会导致局部模型流场细节失真的问题。