本发明公开了一种肿瘤细胞捕获芯片的捕获结果判读方法及系统，其判读结果较为准确。该捕获结果判读方法，依次包括：提供细胞捕获实验后的肿瘤细胞捕获芯片，肿瘤细胞捕获芯片经过标记有第一荧光分子的CK抗体、标记有第二荧光分子的CD45抗体及细胞核荧光染料孵育处理，第一荧光分子、第二荧光分子及细胞核荧光染料的淬灭速度及荧光颜色互不相同；用第一激发光源对捕获芯片进行照射，采集荧光图像；用第二激发光源对捕获芯片进行照射，采集荧光图像；用第三激发光源对捕获芯片进行照射，采集荧光图像；将荧光图像拼合，若某一光点同时存在第一荧光分子和细胞核荧光染料的荧光颜色且不存在第二荧光分子所对应的荧光颜色，则判断该光点存在肿瘤细胞。