本实用新型公开一种食品杀菌系统，在灌装机进瓶侧的食品包装瓶的输送线上设置一轨道，所述轨道与输送线之间可拆卸连接，所述轨道的入口与出口均设置在输送线的侧面，使得输送线上的食品包装瓶从输送线的侧向进入轨道的入口，并由侧向从轨道出口返回至输送线上，其中：所述轨道具有受风行程，并在所述受风行程下方设置一向上吹热风的热风装置，且食品包装瓶在受风行程内移动时，呈瓶口朝下的状态。本实用新型的食品杀菌系统，通过将该杀菌系统对接在食品包装瓶的输送线上，使得食品包装瓶能被翻转至瓶口朝下状态，并对其内部吹入热风，提高杀菌效果。