本实用新型公开了一种有机肥自动加菌装置，包括固定机构、匀料发酵机构和混料机构，所述固定机构内置有空腔，所述匀料发酵机构包括聚料部和排料部，所述排料部包括排料组合、焊接在所述排料组合顶部的基座、安装在所述排料组合顶部中心位置的垫圈和防渗件以及套接在所述基座外侧的密封件。通过设置发酵桶，且在发酵桶的底端设置排料组合，并在排料组合顶部固定安装基座，利用两个密封件将基座和发酵桶进行组合固定，能够使得发酵桶和排料组合之间形成密闭的空腔，同时配合发酵桶外壁固定安装的多个进料管用于物料的排入，以及封盖对空腔内部湿度和温度的控制，从而能够使得该装置方便进行大量有机肥的加菌作业，同时提高菌种在密闭环境中的活性。