本实用新型公开了燃料电池单电池测试治具及单电池测试系统，其中燃料电池单电池测试治具，包括：连接固定模块，设置有冷却液通道，连接固定模块能够与外部单电池可拆卸地连接；散热器，设置有散热通道；第一输液管以及第二输液管，冷却液通道的一端通过第一输液管与散热通道的一端连通，冷却液通道的另一端通过第二输液管与散热通道的另一端连通；加热件，设置于连接固定模块、散热器、第一输液管或第二输液管。在单电池刚开始测试时，启动加热件工作同时停止散热器，加热件使得冷却回路中的冷却液温度上升，进而使得单电池的温度能够快速升温至合适温度范围内，能够缩短测试时单电池达到合适温度范围所需时间，有利于提高测试效率。