本实用新型公开了一种用于药物苗头化合物及其中间体的分离提纯装置，包括箱体和箱盖，箱体和箱盖之间通过塔扣相连接，箱体内部底端设有转动机构，箱体通过转动机构设有离心筒，离心筒周侧面设有渗透膜，并且离心筒与箱体侧壁之间设有限位导向机构，箱体的两端对称设有排料管，离心筒底端一侧设有排渣管，排渣管与排料管相连通，箱盖上对称设有拉手，箱盖下设有清洗机构，清洗机构与离心筒相匹配。本实用新型通过上述机构的相互配合，可以保证离心筒在使用完毕后可以自动对其进行清洗，方便使用，并且可以避免杂质残留在内壁，影响下次的离心使用，避免对下次提纯的药物造成污染，提高药物的纯度。