本发明涉及用于辅助疾病推理的系统，包括：存储单元，其存储知识图谱以及多重图；获取单元，其获取用户的主诉；以及处理单元，其包括：医学概念链接模块，其将主诉的组合关系元组实体链接至相应医学概念中并获得主诉中的特征；诊断条件概率计算模块，其至少基于肯定症状和否定症状召回有关于症状的诊断并计算诊断相对症状的诊断条件概率；用户主诉语义计算模块，其利用BERT模型计算训练语料中的主诉与用户主诉的语义的相似度并筛选候选主诉并按照所召回的诊断过滤候选主诉；以及排序算法模块，其基于GBDT算法对所确定的所有诊断计算预测值并排序；以及诊断确定模块，其输出所有诊断的排序结果。本发明还涉及一种存储实现上述功能的指令的存储介质。