本发明公开了一种高精度的时间测量方法、系统及设备，该方法包括：获取待测量时间信号，并将待测量时间信号方波化，得到待测量时间方波；获取原始时钟信号，并将原始时钟信号进行移相，得到移相方波；通过移相方波对待测量时间方波进行测量，得到待测量时间信号的测量结果。本发明提供了一种高精度的时间测量方法、系统及设备，将原始时钟信号进行移相，获取移相方波，再通过移相方波对待测量时间方波进行测量，得到待测量时间信号的测量结果，可以减小时间信号的测量误差。本发明可以在时钟精度不变的情况，提高低速时钟对时间信号测量的精度，同时没有增加功耗，可以应用于长期采用电池供电的测量系统中。