本发明公开了一种复杂动态环境高精度水平姿态测量方法与系统，包括计算出初始姿态矩阵；对加速度计和陀螺仪的输出增量信息分别进行滤波反馈补偿；构建速度更新方程、姿态更新方程以及位置更新方程；构建卡尔曼滤波状态方程和量测方程；构建卡尔曼滤波方程，当连续转动累计时间超过设定时间时，进行部分反馈修正，当连续转动累计时间小于设定时间时，进行全部状态量的反馈修正。本发明可以适应不同转速交替转停、雷达天线起竖等过程，保证了雷达大盘在调平、雷达天线起竖过程以及雷达天线处于复杂工作状态下的高精度水平姿态测量，提高了系统抗干扰能力。