本发明提供一种相对保留时间预测模型的构建方法、预测方法及装置，该构建方法包括：获取样本数据集，并计算样本数据集中各样本化合物的多个分子描述符；对多个分子描述符进行优化处理，得到多个分子描述符中与相对保留时间相关的目标分子描述符；根据样本数据集中各样本化合物的目标分子描述符和相对保留时间标签，对相对保留时间预测模型进行优化训练，得到最优的相对保留时间预测模型；最优的相对保留时间预测模型用于根据待测化合物的目标分子描述符预测得到待测化合物的相对保留时间。本发明实现快速准确地构建获取相对保留时间预测模型，且可有效提高模型的可解释性。