本发明公开了一种基于网络配置变更自动维护时钟同步网的方法与装置，方法包括：接收影响时钟同步输入配置的网络拓扑变更消息并识别出受影响的设备，根据网络拓扑变更消息对受影响设备间的连纤进行处理，仅保留唯一优选连纤；以缺失时钟同步输入配置的设备为起点，计算出其在网络中的最小环或最短链，以最小环或最短链为整体选出该整体的主、备用时钟同步输入配置；按环网优先原则重新规划出最小环或最短链内部设备的时钟同步输入配置；计算所有设备的增量时钟同步输入配置并下载，完成时钟同步输入配置的动态增量规划。本发明实现的动态规划方法能更好适用于存量网维护。