本发明涉及一种区域地磁基准图自动更新方法，包含如下步骤：将已知采集点坐标对应的地磁数据通过更新设备上传到数据库中，通过数据插值构建三维地磁基准图；采用逐点更新、直线更新或曲线更新，每个坐标点的地磁数据连续采集多次，通过数据处理得出对应坐标点地磁值，更新采集点地磁值，重新生成地磁基准图，实现地磁基准图自动更新。数据更新过程中每个点采集多次地磁数据通过算法排除数据中极其异常的数据，求取剩余数据的均值作为更新值，使更新的数据更加可靠，避免了因定位区域磁场变化而导致定位发生错误，实现了地磁基准图的自动更新，有效提高了定位的准确性，提高了用户的工作效率。