本发明涉及列车控制领域，具体涉及一种自主运行控制模式下的临时限速管理方法及系统，所述方法包括以下步骤，ATS设备发送临时限速命令；所述道岔控制器接收所述临时限速命令并分配所述临时限速命令到逻辑通路一和逻辑通路二；所述逻辑通路一对所述临时限速命令进行验证，所述逻辑通路二对所述临时限速命令进行校验执行；所述逻辑通路一和所述逻辑通路二分别输出验证结果和校验执行结果。本发明将临时限速命令的验证、分发和存储功能分配至道岔控制器，道岔控制器通过不同逻辑通路获得临时限速命令，分别根据不同验证方法进行验证。通过该方法，确保临时限速命令在各设备间的一致性，确保列车自主运行控制系统的安全运行。