本发明提出了一种红外弱小目标自动化标注系统及方法。标注系统，包括：目标检测模块和交互式操作模块，目标检测模块采用基于引导滤波和分块自适应阈值的红外弱小目标检测方法对待标注图像中的红外弱小目标进行检测；交互式操作模块用于呈现所述待标注图像通过所述目标检测模块检测标注的红外弱小目标标注结果，并用于红外弱小目标标注结果的确认和修改。本发明针对红外弱小目标标注任务设计了红外弱小目标检测模块，目标检测模块对弱小目标的检出率更高、抗干扰性更强，大量降低人工标注工作量。标注系统采用边标注边检查策略，交互式操作模块引入对目标位置、大小的快捷调整方式，比现有的目标检测工具操作更加便捷、友好。