本发明涉及饲料技术领域，更具体的说是一种高营养饲料制备系统和制备方法。包括以下步骤：S1：将去除鱼鳞、鱼头、鱼尾和内脏的鱼沿鱼脊骨两侧将鱼切成两块；S2：将带有鱼脊骨一侧的鱼块放入到饲料制备系统内，将鱼脊骨和鱼刺上的鱼肉进行分离，并分别粉碎；S3：按配方称取各组分：鸡肝粉、奶粉、鱼油、面粉、微量元素、维生素和水通过混合机搅拌均匀，然后加入粉碎后的鱼肉再次搅拌混合，得到混合物料备用；S4：将粉碎后的鱼骨投入到混合物料内，充分混合搅拌得到鱼骨料；S5：调质完的鱼骨料挤压成型、出料制得带有鱼骨和鱼肉成分的饲料颗粒；本发明充分利用鱼肉和鱼骨制备出高营养的饲料。