本发明公开了一种云桌面系统管控方法及系统，其方法包括：根据不同用户终端发出的连接申请确定每个用户终端的优先级，根据优先级排序结果获取每个用户终端的配置信息，基于每个用户终端的配置信息为其部署适配的云桌面系统客户端，针对每个云桌面系统客户端对应的所属用户终端，根据其工作状态为其分配合理的系统资源。可以有效地确定每个用户终端对于云桌面系统的使用需求度进而保证该用户终端的工作效率。可以使得每个用户终端可以稳定地运行云桌面系统客户端，提高了稳定性。可以在某个用户终端处于闲暇时将其占用的系统资源分配至其他用户终端，保证了系统资源的有效利用和每个用户终端都可以进行办公，提高了使用人员的体验感。