本发明公开了一种储能电站电池工况健康状态预测方法及系统。本发明的预测方法包括：获取储能电站电池历史运行数据，对原始数据进行预处理；根据电池的特性，截取电池的平台电压区间，以此为参考从历史运行数据充电段中获取一段时间的电池充电平台区间电压电流数据，并通过安时积分获取每次的充电容量值，获取原始的电池健康状态变化序列；使用经验模态分解算法从原始的电池健康状态变化序列中分离出电池周期变化段和线性衰退段；分别建立周期变化段和线性衰退段的数据驱动模型，实现电池线性衰退段和季节性周期段的变化趋势预测。本发发明在保证一定精度的同时降低电池健康状态评估对电池数据的需求，提高电池健康状态预测和评估的精度。