本发明公开了一种基于FFD方法的隔离段的优化设计方法及系统，该方法包括：基于进气道出口与燃烧室入口的形状，通过对隔离段内流动面积变化规律的调整，对隔离段外形进行第一次气动性能优化，得到初始隔离段的离散点；在局部坐标系中划分出一个完全包络完隔离段的长方体，并在该长方体上选取若干均匀分布的控制点，形成控制点格栅；以控制点格栅中各控制点的局部坐标为变量，隔离段的总压恢复系数为优化目标，利用全局寻优算法进行第二次气动性能优化，获得最佳气动性能的隔离段离散点，并生成三维实体。本发明应用于高超声速飞行器技术领域，能够将隔离段出口的总压恢复系数显著提高，对于分厘必争的高超声速飞行器而言优化效果十分可观。