本发明公开了一种可见光图像与荧光图像融合方法及系统，涉及医学图像处理技术领域。包括：对可见光相机和近红外相机进行图像配准，获取配准参数；同步采集可见光图像和荧光图像，对接收的荧光图像进行预处理，根据配准参数对齐可见光图像与预处理后的荧光图像像素；对配准对齐后的可见光图像和荧光图像进行像素融合生成多光谱图像；将融合后的多光谱图像依次合并生成对应视频序列。本发明采用线下相机配准，利用配准参数能够高效且精准的对齐可见光图像和荧光图像，通过增强预处理能够生成高质量的荧光图像，根据边缘强度值和荧光强度值计算融合权重，使加权融合后的多光谱图像能同时保持边缘和荧光强度信息，适合荧光显微镜/内窥镜等医疗设备。