本发明公开了一种眼底视网膜OCTA图像融合方法及系统，包括以下步骤：采集眼底视网膜OCTA图像数据，对同一只眼睛同一区域采集10组数据，然后对图像进行预处理，利用预处理后的图像数据，构建深度学习的训练数据集；搭建深度卷积神经网络模型，对深度卷积神经网络模型进行训练；构建混合损失函数，通过所述混合损失函数对OCTA图像的小血管进行提取，利用混合损失函数计算小血管图像的多尺度结构相似性和平均绝对误差L1来训练深度卷积神经网络，获得网络模型参数；利用训练后的深度卷积神经网络模型对测试集图像进行预测，网络输出即为融合后的高质量图像。本发明通过深度卷积网络来对图像进行融合，图像处理质量好。