本申请涉及一种标定件、手术导航坐标系配准系统、方法、设备和介质。手术导航坐标系配准系统包括医学成像装置、标定件、机械臂、距离检测装置和处理装置。所述医学成像装置用于对患者成像，得到患者图像。所述标定件的材料为所述医学成像装置可识别材料，所述标定件用于与植入患者骨骼的骨钉连接，以标定所述患者的位置信息。所述距离检测装置固定设置于所述机械臂，用于检测与所述标定件之间的距离，得到第一距离。所述处理装置与所述医学成像装置和所述距离检测装置通信连接，用于根据所述患者图像和所述第一距离，对患者图像坐标系和机械臂基座坐标系进行配准。本申请提供的手术导航坐标系配准系统使用简单方便。