本发明公开一种基于GPU的在线信号质量监测分析方法及系统，方法包括步骤一、引出数字终端的信号并送入GPU服务器，步骤二、万兆交换机内的数字信号发送至GPU服务器，步骤三、实时对接收到的信号完成信号质量分析，步骤四、根据实际接受信号质量与理论信号质量进行对比评估并验证信号质量，系统包括码流单元、万兆交换机、GPU服务器和搭载在GPU服务器上的信号分析软件；本发明通过对各链路、各节点的原始数据进行采集分析，验证评估信号质量和信道特性，为通道校准以及系统的健康诊断提供支撑和参考，可用于对地面运控系统中不同频率、不同体制和不同链路信号的在线监测。