微波辅助酶法结合气流超微粉碎制备大豆分离蛋白的方法，属于大豆蛋白加工技术领域。为了解决目前的大豆分离蛋白质量参差不齐，功能特性差等问题，本发明在碱提酸沉步骤之前利用微波辅助酶法提高了蛋白的提取率，大大缩短酶解的时间和减少蛋白酶的消耗量，并且结合气流超微粉碎技术，对大豆蛋白进行加工处理，增强了其功能特性。本发明明确了微波辅助酶法和气流超微粉碎在大豆蛋白加工中的工艺，并且确定了最佳工艺参数，该工艺可制备粒径较小、持油率高、起泡能力高、泡沫稳定性较好、乳化活性较好且乳化稳定性强的大豆分离蛋白。本发明对蛋白质制备加工方法的设计和改造，甚至对具有某些独特功能的大豆蛋白产品的开发都有重要的意义。