本发明公开了一种自来水中微生物检测装置以及微生物检测方法，涉及微生物检测技术领域；为了解决微生物提纯问题；该种微生物检测装置包括采集管，所述采集管的一端设置有提纯箱，提纯箱的一端连接有水管二，水管二的一端固定连接有检测箱，检测箱的一端固定连接有水管一，水管一的一端固定连接有杀菌箱；该种检测方法包括如下步骤：提取样品；样品提纯；样品检测；杀菌消毒。本发明通过设置提纯组件，旋转提纯组件，储放筒的外壁固定连接的筛分网对溶液中的杂质进行过滤，通过旋转产生的离心力，使水分子穿过透膜，而微生物则拦截在透膜的一端，停止旋转后，水体回流，将含有高浓度微生物的溶液通过出液孔流出，完成微生物的提纯。