本发明提供一种基于变分贝叶斯的基因调控网络结构辨识方法，根据不完整和有噪声的基因表达时间序列数据中考虑基因调控网络GRN的结构推断，用含有未知噪声信息的随机非线性状态空间模型，描述了基因表达数据中的动态行为，采用变分贝叶斯VB框架来同时估计参数和基因表达水平，通过生成预测值，可以很容易地处理缺失的观测值；考虑到GRN的稀疏性，利用极端梯度增强树对平滑后的基因数据进行建模，并通过树模型中的重要性得分来识别基因间的调控相互作用。该方法能在观测值缺失的情况下，有效地恢复GRN的调控相互作用，并优于现有的GRN识别方法。