本发明公开了一种基于九轴IMU的蛋白任意截面生成方法、装置、设备及计算机可读存储介质，该方法包括：在终端中建立三维空间，并于所述三维空间中载入待观察蛋白质的三维图像；将所述三维空间实时地映射于所述终端连接的显示模块；将九轴IMU控制器与所述终端连接，并根据所述九轴IMU控制器在所述三维空间中建立基准面；根据所述九轴IMU控制器调整所述基准面；在收到确认指令后，以所述基准面为参考生成所述待观察蛋白质的截面图。本申请的方法具有简化蛋白质截面生成方式的优点。