本发明提供了一种基因序列比对方法及系统，包括：将隐马尔可夫模型的参数编码为蜜源，对于每条基因序列，采用所有蜜源对应的隐马尔可夫模型，得到每条基因序列对应的多种隐状态序列；判断是否满足终止条件，若满足，对适应度值最大的蜜源对应的隐马尔可夫模型得到的所有基因序列的隐状态序列进行两两比对，得到与每条基因序列最相似的基因序列；否则，基于每个蜜源的适应度值，将所有蜜源分为多个种群，在不同种群之间进行差异性学习，来优化隐马尔可夫模型的参数，直到满足终止条件。增强了隐马尔可夫模型的参数搜索的随机性，避免求解陷入局部最优，提高了多序列比对时解的精度。