本发明提供一种基因序列非比对方法、装置和电子设备，其中基因序列非比对方法，包括：基于预设非比对原则，将参考基因序列转换为目标氨基酸序列；其中，所述预设非比对原则用于将所述参考基因序列划分为目标碱基组且基于所述目标碱基组确定所述目标氨基酸序列；基于预设k‑mer模型，确定所述目标氨基酸序列的目标k‑mer特征向量；其中，所述预设k‑mer模型用于基于所述目标氨基酸序列中连续k个目标氨基酸的频率确定所述目标k‑mer特征向量；根据所述目标k‑mer特征向量，确定所述参考基因序列的距离矩阵，以构建发育树。使用本发明方法，能够通过无比对的基因组分类方式实现提高基因组进化分析的效率及准确率的目的。