本发明提供了一种燃料电池封装箱体吹扫系统及其吹扫方法，涉及燃料电池设备的技术领域，包括电池电堆、空气压缩机构、气液分离机构和吹扫机构；电池电堆容置于封装箱体内部，空气压缩机构将大气中的空气输送至电池电堆内；通过引入到电池电堆的封装箱体进行吹扫的气体来源为电池电堆空气出口所排出的废气，不需要空压机额外增加功率消耗，提高了燃料电池发动机整体的工作效率；同时，因进入到封装箱体内进行吹扫的气体为电池电堆的空气出口尾气，此尾气中的氧气含量大大低于进入电堆前的气体，使用此低氧气含量的气体对电池电堆封装箱体内部氢气进行吹扫，将大大降低电堆封装箱体内氢气的危险性，提升了燃料电池的使用安全。