本发明提出一种自行式模块化运输车夹具系统及协作运输方法，该系统由液压升降系统、支撑平台、回转平台、橡胶垫块、夹具和电动滑轨平台构成，液压升降系统均匀排布在支撑平台下方，回转平台在支撑平台上方中心位置，橡胶垫块放置在管状运载物体与夹具之间，夹具放置在电动滑轨平台上方中心位置。电动滑轨平台放置在回转平台上方中心位置。管状运载物体的转向随从前后自行式模块化运输车的行驶方向，夹具中的倾角传感器通过判断管状运载物体与夹具之间夹角，进而控制液压升降系统升降，使管状运载物体保持水平状态，顺利通过高低差较大的山间拐弯特殊路段。该夹具系统使自行式模块化运输车提升运载效率，适应更多运输环境，提供更多运载解决方案。