本发明公开了一种鱼类养殖废水生态处理系统，属于废水生态处理领域，包括土壤层，所述土壤层的上表面从左到右依次固定连接有过滤箱、除杂箱和杀菌箱，所述过滤箱内的顶部设有过滤机构，所述除杂箱的内部设有搅拌机构和除杂机构，所述杀菌箱的内部设有杀菌机构，所述过滤箱、除杂箱和杀菌箱之间设有出液机构，且两个出液机构分别与过滤箱、除杂箱和杀菌箱相连通，所述土壤层上表面的右侧开设有生态处理池，本方案通过设置的过滤机构、搅拌机构、杀菌机构和生态处理池对废水进行处理，能够有效地去除废水中的垃圾、杂质和重金属离子等，便于后续对废水进行生态处理，能够缩短废水生态处理的时间。