本申请提供一种船舶设备基座阻振方钢的安装方法及安装精度控制系统。所述船舶设备基座阻振方钢的安装方法包括以下步骤：S1、在船舶分段的内底板上分别戡划出多个方钢的安装位置，在每个安装位置上装配方钢。S2、将每个方钢与船舶分段的内底板焊接。S3、在每个船舶分段内底板的方钢焊接完毕后，将包括所述内底板的底板分段与舷侧分段进行分段总组以形成环形总段。S4、在每个环形总段组装完毕后，将多个环形总段进行合拢形成巨型总段。S5、在巨型总段合拢完毕后，将船舶设备基座安装于巨型总段上部。本申请保证方钢在横跨多个总段的安装过程中的安装精度，避免因船舶设备基座与方钢的相对位置超出允许偏差范围导致高成本的返工。