本发明涉及有机高分子材料领域，为了解决现有有机硅橡胶存在的问题，本发明提出了一种缩合型透明硅橡胶的制备方法与应用，采用烷基磷酸与羟基封端二甲基聚硅氧烷共聚改性，制备羟基封端、含烷基磷酸酯链段的有机硅聚合物；将氨基烷氧基硅烷与季氨化试剂反应，获得可参与缩合型硅橡胶交联固化反应、具有杀菌防霉效果的氨基烷氧基硅烷季氨化产物，然后将它们与环形四硅醇、交联剂硅烷偶联剂和固化催化剂经搅拌，减压脱除水份和低分子后，获得硅‑磷协同阻燃、防霉剂参与固化反应的防霉阻燃缩合型透明硅橡胶。制备得到缩合型透明硅橡胶既具有良好的透光性，力学性能、又具有阻燃和防霉性能。