本发明属于食品安全技术领域，具体涉及一种食品输入风险监测预警方法。本发明的方法包括如下步骤：步骤1，获取区域内本地生产食品和外地输入食品的抽检合格批次和抽检不合格批次；步骤2，根据食品种类，估计该食品种类合格率的先验分布；步骤3，根据步骤1和步骤2得到的数据，利用经验贝叶斯估计得到本地生产食品和外地输入食品的后验合格率；步骤4，对步骤3得到的本地生产食品和外地输入食品的后验合格率进行检验，对后验合格率存在显著差异的食品种类和区域进行输入风险预警。本发明解决了输入食品抽检批次少，计算得到的合格率计算偏离真实合格率的问题，能够更加准确地得到食品输入风险的分析结果，具有很好的应用前景。