本发明公开一种基于频率域追踪的多模光纤稳定成像方法及装置，包括：激发光经多模光纤传输后在出射端及反射端频率域交替生成聚焦点，通过出射端聚焦点进行扫描成像，对反射端频率域焦点强度进行实时探测，一旦外界环境发生改变，通过预设矩阵补偿，本发明相对于原有的多模光纤显微内镜，通过添加反射频率域监控追踪实现了反射传输矩阵与透射传输矩阵的联系，并能够以高速高灵敏方式实现了高分辨高信噪比稳定成像。