本发明涉及火麻仁加工领域，特别涉及一种火麻仁功能多肽及其制备方法，其中火麻仁功能多肽的制备方法为先将脱脂火麻仁粕与水形成火麻仁粕料液，所述火麻仁粕料液依次经过酸性蛋白酶和胃蛋白酶水解并离心得到上清液A和沉淀物；再采用中性蛋白酶对所述沉淀物进行水解并离心得到上清液B，将所述上清液A和上清液B混合后，经膜过滤截留300～6000Da的滤液，浓缩即得所述火麻仁功能多肽。该制备方法用酸性蛋白酶和胃蛋白酶依次水解可得到具有抑制α‑淀粉酶活性的多肽；采用中性蛋白酶对前两次酶解后得到的残渣水解，得到具有抑制脂肪酶活性的多肽，将两种多肽混合则具有两种消化酶的抑制活性，可有效降低肠道中淀粉和脂肪类物质的消化率。