本发明提供一种燃料电池系统开机吹扫方法，步聚为：S1、根据预设条件进行吹扫；S2、获取电堆在吹扫时电堆单池的平均电压；S3、判断所述平均电压是否大于第一设定电压；当所述平均电压不大于所述第一设定电压时，执行步聚S4；S4、判断电堆单池处于升压状态还是降压状态；当电堆单池处于升压状态时，执行步聚S5；S5、判断所述平均电压是否小于开路电压；当所述平均电压不小于所述开路电压时，则吹扫完成。本发明以单池电压是否达到开路电压为吹扫完成判断的首要依据，避免了单池电压达到开路状态而吹扫时间没到达设定时间时还继续吹扫的问题，同时避免了对设定吹扫时间的反复标定，实现了用最短的时间来完成燃料电池开机吹扫。